L'objectif du Magistère de Sciences Économiques est d'offrir aux étudiants une formation d'excellence qui alterne cours théoriques, cours appliqués, rencontres avec des professionnels et stages, tout en favorisant une forte ouverture à l’international.

Le Magistère propose deux parcours et les étudiants doivent en choisir un dès leur inscription :
- Économie Internationale et Finance (MAGEFI) : qui les oriente vers des carrières en banque, finance, commerce international ou vers la recherche et économie bancaire et financière internationale.
- Évaluation des politiques publiques et Développement (MAGEVAL) : qui les oriente vers les métiers de l’évaluation des politiques publiques françaises et européennes (dans des domaines aussi divers que la santé, l’environnement, l’emploi, le social, l’éducation, etc.) et les métiers du développement.